Le télépaiement SEPA, autrement dit le paiement par prélèvement SEPA interentreprises, est ouvert aux seuls professionnels. Il s’effectue via l’utilisation du service en ligne Télépaiement SEPA. Ce mode de paiement à distance par internet est ouvert pour le règlement des créances suivantes : sommes garanties par crédit d’enlèvement (bordereaux créditaires), TGAP, TSVR, sommes à payer en matière de contributions indirectes sur les alcools et les boissons alcooliques, TICFE, TICGN et octroi de mer. Selon l'origine et le montant de la créance, ce mode de paiement est obligatoire ou simplement ouvert. L’utilisation du service en ligne Télépaiement nécessite une habilitation puis pour chaque montant débité un accord explicite. Il ne s'agit pas d'un contrat de prélèvement automatique.